L'ufficio Isole Minori è stato costituito con l'art. 53 della Legge Regionale n° 10/99.

Negli ultimi anni è stato attivato, da parte dei Governi Regionali che si sono avvicendati, un processo tendente alla valorizzazione dei territori delle Isole Minori Siciliane ed al consolidamento del loro sviluppo nel tempo.

Un primo passo fatto dalla Regione, nell’interesse della pecularietà che contraddistinguono tali territori, è stato quello di istituire, presso la Presidenza della Regione, con la legge regionale 27 aprile 1999  n°10 art. 53 un apposito Ufficio Isole Minori finalizzato al coordinamento delle attività e degli interventi regionali delle suddette comunità.

La strategia messa in atto ha consentito se non il superamento delle criticità, sicuramente l’avvio di un processo innovativo che ha voluto quali attori principali le comunità delle Isole Minori, ed ha consentito, il passaggio da un andamento procedurale generale che individuava semplici interventi legislativi settoriali volti a risolvere temporaneamente singole esigenze e/o emergenze, ad un processo, rivolto alla formulazione di veri e propri indirizzi programmatori generali per la definizione di tutte le problematiche che investono i territori isolani e che consentono una reale valorizzazione dei medesimi.

Attraverso il coordinamento dell’Ufficio Isole Minori, cui i governi hanno assegnato sia il compito di promuovere uno sviluppo “sostenibile di sistema” che quello di raccordare il “sistema delle Isole Minori con le amministrazioni Comunitarie, Nazionali e Regionali, l’Università, i Centri di Ricerca, il Partenariato socio-economico e le Società pubblico-private, sono stati raggiunti importati traguardi tra cui :

• E’ stato attuato il programma integrativo di sviluppo territoriale (Dupim – Pist) che ha permesso, a valere su risorse finanziarie del Cipe, la realizzazione di opere pubbliche per un importo di circa 15 ml di €.
• E’ stato promosso e accompagnato, su incarico del Presidente della Regione pro-tempore, il progetto integrato Isole Minori (PIT) previsto dal complemento di programmazione attraverso cui si stà procedendo alla realizzazione di 21 interventi infrastrutturali di valorizzazione dei Beni Culturali e di 7 azioni di sistema per un importo complessivo pari a circa 35 ml di €.
• E’ stata promossa l’utilizzazione dei 30 Ml di €, impegnati dalla Giunta Regionale di Governo con delibera n°343 del 2004, attraverso la predisposizione di un documento strategico-quadro per le Isole Minori e l’inserimento degli interventi individuati nel secondo atto integrativo all’Accordo di programma quadro sviluppo locale – azioni per le Isole Minori, sottoscritto dalle parti nel Dicembre 2005.
• E’ stata promossa ed accompagnata la partecipazione del “Sistema Isole Minori” alla Coalizione con i territori delle Madonne, dell’alto e medio Belice e della Valle del Torto. Il progetto “Ecoturismo del Mediterraneo” che la Coalizione ha presentato è stato approvato e finanziato.
• E’ stata promossa ed accompagnata la costituzione di un ATO Unico Rifiuti per le Isole Minori istituito, con Decreto Presidenziale del 20 maggio 2008  inerente la nuova  delimitazione degli ambiti territoriali per la gestione integrata dei rifiuti.

La scelta da parte dei Governi regionali di favorire le politiche di sviluppo per i territori in questione, attraverso l’operatività di uno specifico Ufficio di Coordinamento, ha consentito il raggiungimento degli obiettivi attraverso un’azione di integrazione degli attori, del processo di sviluppo, nelle iniziative messe in atto in un quadro di coerenza strategica agli strumenti di programmazione definiti  dai diversi livelli istituzionali.

Tutto ciò è stato possibile in quanto l’Ufficio ha potuto operare sotto l’egida della Presidenza della Regione, che ha conferito a tale attività di coordinamento e raccordo istituzionale l’autorevolezza indispensabile per raggiungere gli obiettivi fissati nell’interesse delle isole minori e nel rispetto degli impegni assunti dai vari Presidenti della Regione succedutisi nel tempo.

Oggi l’Ufficio Isole Minori più Propriamente Servizio 2° “Coordinamento Attività Isole Minori” della Segreteria Generale della Presidenza della Regione, in ragione delle attività di coordinamento sviluppate, costituisce la struttura di riferimento per l’individuazione, l’implementazione e la verifica delle politiche di sviluppo in favore delle isole minori  e ciò in  ragione della profonda conoscenza dei contesti insulari e del consolidamento di una rete di relazioni che gli consentono di soprintendere e di garantire l’efficacia dell’interlocuzione tra i soggetti coinvolti nei processi.